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困りごと解決2026年10月15日

インボイス2年目、紙の請求書が残っている会社が今やっておくこと

インボイス2年目、紙の請求書が残っている会社が今やっておくこと

インボイス制度(適格請求書等保存方式)が始まって2年が経ちました。最初の年は「登録番号を取る」「請求書の様式を変える」で手一杯だった会社も、運用は落ち着いてきたと思います。

一方で、「受け取った請求書が紙とメールに分かれていて、保管がぐちゃぐちゃ」という相談が増えています。この記事では、年度末の前に整えておくべき3つのことを説明します。

2年目に起きている問題

  • 取引先によって、紙で届く請求書とPDFで届く請求書が混在している
  • PDFで届いたものを印刷して紙と一緒に綴じている(これは電子帳簿保存法の要件を満たさない)
  • 登録番号の確認を最初の年にやったきりで、その後に追加された取引先は確認していない
  • 税理士から「この請求書、電子で保存してますか」と聞かれて答えられない

今やっておく3つのこと

1. 受け取った請求書の「保存の場所」を1つに決める

電子で受け取った請求書は、電子のまま保存する必要があります(電子帳簿保存法・電子取引の保存義務)。紙で受け取ったものは紙のまま保存してもかまいませんが、スキャンして電子で保存することもできます。

おすすめは、全部を電子で1か所に集めることです。紙で届いたものはスキャンして、PDFで届いたものと同じフォルダに、同じルールで保存する。「日付_取引先_金額.pdf」のようなファイル名にしておけば、法律が求める「日付・金額・取引先で検索できる」要件も満たします。

2. 取引先の登録番号を一覧にしておく

仕入税額控除を受けるには、相手が適格請求書発行事業者であることが必要です。取引先一覧に登録番号の列を足して、請求書と照合できる状態にしておきます。会計ソフトの取引先マスタに登録番号の欄があるので、そこに入れておけば、仕訳のときに自動でチェックされます。

3. 発行側も、控えを電子で持つ

自社が出した請求書の控えも保存義務があります。クラウド請求書サービスで発行していれば自動で残りますが、Excelで作って印刷している場合は、PDFで保存する運用に変えておきます。これは前回の記事で説明した「請求書の発行を電子にする」と同じ話で、ここから始めると保管の問題も一緒に解決します。

「経過措置」の終わりを見ておく

免税事業者からの仕入について、消費税額の一定割合を控除できる経過措置は段階的に縮小されます。取引先に免税事業者がいる場合、その分の税負担がどう変わるかを、税理士と一度確認しておくとよいです。制度の細かい適用は、顧問税理士の判断に従ってください。

費用感

保存ルールづくりとスキャン体制の整備、クラウド請求書サービスの導入まで含めて、BULLCOM DXのペーパーレス化支援は110,000円(税込)からです。すでにクラウド会計を使っている会社なら、その中の請求書機能と保存機能を設定するだけで済むことも多く、その場合はもっと軽くなります。

まとめ

  • 電子で届いた請求書は電子のまま保存。印刷して綴じるのは要件を満たさない
  • 保存場所とファイル名のルールを1つに決めれば、法対応と「探す時間ゼロ」が同時に済む
  • 取引先の登録番号は会計ソフトのマスタに入れておく

年度末の前に整えておくと、決算のときに慌てません。今の請求書の受け取り方を教えていただければ、最短の整え方をお伝えします。制度上の判断は、顧問税理士と一緒に確認します。

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